BSA關聯定位分析

對于數量性狀定位的混池，通常建議混池規模為群體大小的5%-10%。不同的測序策略，混池規模會有略微的差別，重測序BSA及轉錄組BSA最低要求30個以上，SLAF-BSA最低要求50個以上。文獻報道（300樣/池&160樣/池相比）混池規模越大，定位的效果會越好。

常測序數據量越大，標記的準確性會越高，但成本也會越高，綜合考慮，在這里我們給大家提供BSA項目的最低數據量。對于SLAF-BSA，通常我們建議子代混池至少達到每個個體1×的數據量，比如混池規模為30+30，那么每個混池測至少30×；對于重測序BSA，混池規模在50以下，子代1×的數據是可以的，但是像基因組比較大的物種（如玉米），若混池規模為100+100這樣的情況，每個混池測50×也是沒有問題的。

能做。現在我們的BSA關聯分析是基于SNP，因為SNP在基因組上的密度要遠遠高于Indel以及結構變異，這會使我們定位更加精細。如果某一個性狀是由Indel、結構變異、導入系所引起的，那么它通常是與某些SNP連鎖發生的，通過SNP我們會找到候選區域，再在候選區域內尋找這些Indel或結構變異或導入系，來尋求決定該性狀的Indel或結構變異或導入系。

可以，對于沒有親本的混池，我們會采取ED的方法進行關聯分析。

有影響。從關聯分析的方法上，有親本的BSA我們會有兩種關聯分析方法，SNP-Index和ED，最后的定位結果是兩種方法的交集，無親本的只能用ED的方法進行關聯分析。有親本的作用是排除親本非多態性標記對定位的影響，舉例說明一下，有一個標記在混池間是有多態性的，但在親本上是沒有多態性，如果有親本，我們的定位結果是不會有這樣的標記，但是沒有親本，定位結果中就會有這樣的標記，定位的區域會變大，假陽性較多。

不可以，兩個不同群體所采用的閾值沒法計算。

推薦至少做兩個親本的重測序，這樣我們會提供定位區域內非同義突變基因的信息，進一步縮小候選區域的范圍，相當于在SLAF-BSA的基礎上精細點，如果老師經費允許的話，群體也做重測序效果肯定是更好的，群體的SNP信息要遠高于SLAF的，定位也會相應變精細點。

沒有參考基因組的話，通過SLAF我們只能關聯到一些標簽，對于老師后期的數據利用并不是特比好，而通過轉錄組可以進行Uningene的組裝，進而通過關聯分析獲得候選區域內的Uningene信息并進行功能注釋，對于老師后期數據利用還是比較好的。

化學誘變或者是物理誘變引起的點突變；野生型親本重測序+突變型子代混池測序；有參考基因組；任何發生性狀分離的家系群體。