ATAC-seq測序技術

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing），基于高通量測序的染色質轉座酶可接近性實驗。在核小體連接致密的地方，轉座酶不能進入，而松散的區域，轉座酶能夠進入并切割下暴露的DNA區域，并同時連接上特異性的接頭，有接頭的DNA片段被分離出來，用于高通量測序。因此，ATAC-seq可以得是全基因度尺度上處于開放狀態的染色質區域，并且通過分析染色質開放區域的motif，可以獲得潛在的活躍轉錄因子及其靶基因。

ATAC-seq主要實驗流程首先是制備細胞懸液，然后裂解液裂解細胞獲得細胞核，進一步使用Tn5轉座酶酶切并純化，最后回收DNA片段，對回收片段進行末端修復、3’端加A、連接測序接頭，片段大小選擇以及PCA擴增等步驟獲得標準的高通量測序文庫，使用Illumina測序平臺進行測序。

原始測序Reads經過去接頭和過濾低質量，獲得Clean Reads。將Clean Reads與參考基因組序列進行比對，通過Reads在基因組上的比對位置信息，進行Peak calling，并進行motif預測、轉錄因子靶基因挖掘、差異Peak和Motif等分析。