百創S1000空間轉錄組芯片

產品介紹

百創S1000（BMKMANU S1000）是由百邁客生物自主設計并研發而來的國內首款基于微孔微珠上Spatial Barcode實現對組織切片mRNA分子捕獲的亞細胞級空間轉錄組芯片。百創S1000可以廣泛應用于生物器官發育、神經科學、免疫感染、脅迫應激、生物遺傳進化等生命科學領域的研究。

百創S1000優勢

亞細胞分辨率

哺乳動物體細胞平均直徑為10μm，百創S1000空間轉錄芯片分辨率達到了4.8μm，到達亞細胞級別。

多級分辨率調整

百創S1000空間轉錄芯片結果支持從100μm-4.8μm動態調整。

保留HE染色

百創S1000空間轉錄芯片保留原片HE染色，結合高分辨率的spots聚類，能得到更為精準的結果。

捕獲區域靈活定制

百創S1000空間轉錄芯片支持1-8個捕獲區域的靈活訂制。

更好兼容Nanopore三代數據

Nanopore有效拆分了接近50%。

Nmuber?of?Reads	Number?of?Base	Reads?with?Valid?Barcode	Bases?with?Valid?Barcodes	N50	Bases?Mapped?to?Transcriptome?And?with?Valid?Barcode
105,553,898	70,516,281,320	73.85%	73.42%	740	49.55%

二代與三代數據的UMI/Gene counts per spot的相關性還是tSEN/UMAP的降維聚類，都顯示具有非常高的一致性。這充分說明百創S1000-Nanopore全長轉錄組產品完全可以獨立進行數據的拆分與挖掘分析，無需依賴NGS數據的校正。

UMI counts per spot

Gene counts per spot

技術原理

在6.8mm * 6.8mm的捕獲區域內有約220萬個直徑2.5μm的微孔，將布滿oligo（R1+Spatial Barcode+UMI+poly(dT)VN）直徑2.5μm的微球隨機嵌入到微孔之中，形成陣列，相鄰兩個微珠的中心距離為4.8μm。Spatial barcode 種類有為5600萬種，提供了更為長的sptail barcode長度，約為70bp，這能更好的兼容三代測序，能大幅提高nanopore數據的BC識別效率。